Les ghettos polonais
L'occupation allemande en Pologne fut d'une brutalité exceptionnelle. Les Nazis considéraient les Polonais comme étant de race inférieure. Après la défaite militaire du pays en septembre 1939, les Allemands lancèrent une campagne de terreur. Des unités de police allemandes fusillèrent des milliers de Polonais et réquisitionnèrent tous les hommes pour des travaux forcés. Les Nazis cherchaient à détruire la culture polonaise en éliminant les dirigeants politiques, religieux et intellectuels. Il s'agissait de détruire l'Etat et la nation polonaise, dont toutes les institutions furent supprimées. Ceci eut lieu à cause du mépris allemand envers la culture polonaise et aussi pour éviter l'organisation d'un mouvement de résistance contre l'occupation.
En mai 1940, les autorités allemandes d'occupation lancent l'action AB, qui consistait en un plan d'élimination de l'intelligentsia polonaise et de la classe dirigeante. Ce plan avait pour objectif de tuer très rapidement les dirigeants polonais afin de semer la panique au sein du peuple et de décourager toute tentative de résistance. C'est ainsi que les Allemands fusillèrent des milliers de professeurs, de prêtres et autres intellectuels à Varsovie et dans ses environs, particulièrement à la prison de Pawiak, qui se trouvait dans la ville. Les nazis déportèrent des milliers d'autres Polonais dans le camp de concentration d'Auschwitz qui venait d'être ouvert, à Stutthof, et dans d'autres camps de concentration en Allemagne, où jusqu'en mars 1942 la majorité des détenus était des non-Juifs.
Les Nazis menèrent une politique de représailles aveugles contre toute tentative de résistance. Elles comprenaient des expulsions de masse. En novembre 1942, les Allemands expulsèrent plus de 100 000 personnes de la région de Zamosc ; de nombreux habitants furent déportés dans les camps d'Auschwitz et de Maïdanek. D'autre part, environ 50 000 enfants polonais furent arrachés à leurs familles, déplacés dans le Reich, et soumis à la politique de "germanisation".
Après l'annexion de la Pologne occidentale, Hitler ordonna la "germanisation" du territoire polonais. Des Gauleiter (tels Arthur Greiser dans le Warthegau et Albert Forster à Dantzig-Prusse Occidentale) chassèrent des centaines de Polonais hors de leur maison vers le Gouvernement Général. Plus de 500 000 Allemands furent ensuite installés dans ces régions.
Un gouvernement polonais en exil, dirigé par Wladyslaw Sikorski, fut établi à Londres. Sur le sol polonais, il était représenté par le réseau clandestin "Delegatura", dont la fonction principale était de coordonner les activités de l'Armée intérieure (Armia Krajowa). Il s'agissait de la Résistance nationaliste. Un important mouvement communiste se développa aussi, l'Armia Ludowa. La résistance polonaise organisa une violente insurrection contre les Allemands à Varsovie en août 1944. La rébellion massive de la population dura deux mois puis fut écrasée et la ville détruite. Plus de 200 000 Polonais furent tués lors de l'insurrection.
Entre 1939 et 1945, au moins 1,5 millions de citoyens polonais furent déportés vers le territoire allemand pour travaux forcés. Des centaines de milliers furent aussi emprisonnés dans les camps de concentration.
On estime que les Allemands ont assassiné au moins 1,9 million de civils polonais non-Juifs pendant la Seconde Guerre mondiale. Les Allemands exterminèrent également 3 millions de Juifs polonais.
Les soviétiques
Les Einsatzgruppen (unités mobiles d'extermination) étaient des brigades allemandes en mission spéciale, composées principalement de SS et de policiers. Les commandants et les officiers étaient également membres de la police de Sûreté et des services de sécurité. Ces unités étaient directement subordonnées à l'Office principal de sûreté du Reich (Reichssicherheitshauptamt ou RSHA) à Berlin et devaient opérer à l'échelle régionale, en coordination avec des gradés de la police et des SS. Ayant reçu l'ordre de suivre l'armée allemande en Union soviétique, les Einsatzgruppen dépendaient de l'armée en matière d'approvisionnement et de soutien logistique.
Conformément au projet allemand de mener une guerre idéologique d'anéantissement en Union soviétique, le chef du RSHA, Reinhard Heydrich, ordonna aux commandants des Einsatzgruppen de liquider systématiquement les civils de l'arrière perçus comme « ennemis » de l'Allemagne nazie. Les groupes voués à l'assassinat systématique comprenaient les commissaires politiques soviétiques, les fonctionnaires du parti communiste soviétique et de l'appareil d'État, ainsi que tous ceux qui étaient considérés comme « racialement » dangereux.
Au fur et à mesure que l'armée allemande avançait en territoire soviétique, les Einsatzgruppen suivaient les troupes et perpétraient leurs assassinats en masse. Epaulés par des auxiliaires de la police recrutés sur place et d'autres unités de la SS et de la police allemande, les membres des Einsatzgruppen abattirent au début principalement des hommes juifs et des dirigeants du Parti communiste. A la fin du mois de juillet 1941, après le déploiement d'importantes unités de SS et de policiers dans l'Union soviétique occupée, les Einsatzgruppen, commencèrent à exterminer des communautés juives entières, hommes, femmes et enfants.
Quatre Einsatzgruppen de la taille d'un bataillon et plusieurs bataillons de police furent déployés dans l'Union soviétique occupée. L'Einsatzgruppe A fut expédié de Prusse-Orientale vers Leningrad en passant par la Lituanie, la Lettonie et l'Estonie. Ses membres massacrèrent des Juifs à Kaunas, Riga et Vilnius. L'Einsatzgruppe B partit de Varsovie, dans la Pologne occupée, et se dirigea vers Smolensk en traversant la Biélorussie. Ses membres assassinèrent des Juifs à Grodno, Minsk, Brest-Litovsk, Slonim, Gomel et Moguilev, entre autres. L'Einsatzgruppe C entreprit ses opérations à partir de la région de Cracovie et traversa l'Ukraine en direction de Kiev et Donetsk, massacrant à Lvov, Ternopol, Zolochev, Kremenets, Kharkov et Kiev. L'Einsatzgruppe D sévit dans le sud de l'Ukraine, étendant les tueries aux villes de Nikolaïev, Kherson, Simferopol, Sébastopol et Feodosiya.
Au printemps 1943, les Einsatzgruppen et autres unités de la police et de la SS avaient assassiné plus d'un million de Juifs, plusieurs milliers de responsables politiques soviétiques, de Tsiganes et d'handicapés.
L'un des massacres les plus importants perpétrés par des membres des Einsatzgruppen avec l'aide de la SS et de la police fut celui de 34 000 Juifs à Babi Yar, un ravin situé au nord-ouest de Kiev, les 29 et 30 septembre 1941. Autre opération de masse : le meurtre de plus de 25 000 Juifs lettons du ghetto de Riga en deux laps de temps très courts, les 29 et 30 novembre 1941 et les 8 et 9 décembre 1941.
En 1943, alors que les Allemands commençaient à battre en retraite, des unités spéciales de la SS et de la police, dont le sous-détachement (Teilkommando) 1005 placé sous le commandement de l'officier SS Paul Blobel, tentèrent de détruire toute trace des fusillades en masse et des meurtres par camions à gaz. Des membres de la SS et de la police contraignirent des petits groupes de Juifs à exhumer les corps des fosses communes pour les incinérer. Une fois ces tâches terminées, les Allemands abattirent les travailleurs juifs par petits groupes, contraignant chaque groupe à incinérer les corps du groupe abattu précédemment. Les Allemands continuèrent à supprimer les preuves des assassinats en masse, tandis que l'armée soviétique libérait l'Ukraine et la Biélorussie en 1943 et 1944.